Etablissement de droit public, sans personnalité morale, la Haute Ecole pédagogique Fribourg est rattachée à la Direction de l’instruction publique, de la culture et du sport du canton de Fribourg.

Le Conseil d’Etat exerce la haute surveillance sur cet établissement et en ratifie de manière générale les règlements.

Organe de type délibératif, la Commission de la HEP-PH FR (liste des membres) assure le contrôle, le conseil et l’orientation de celle-ci ainsi que sa direction. Sorte de "sénat" à l’échelle de la HEP-PH FR, la commission est appelée à donner son préavis à l’intention de la DICS et du Conseil d’Etat sur l’élaboration du budget, la gestion, les règlements, le choix des doyens et du recteur.

La HEP-PH FR est dirigée par un Conseil de direction composé d’une rectrice, de 4 doyens en charge chacun d’un secteur de l’institution et d’une responsable administrative (organigramme HEP).