En plus des missions réalisées par le service de la recherche, la direction de la HEP-PH FR a décidé de concentrer les forces de recherche dans certains domaines de compétences spécifiques. Des Unités de Recherche, actuellement au nombre de six, ont donc été créées depuis 2010. Les membres de ces unités sont des personnes-ressources dans les offres de formation initiale et continue et pour le secteur de documentation et multimedia. Ils assurent également la présence de la HEP-PH FR dans les réseaux scientifiques nationaux et internationaux.

Ces « Unités de Recherche » réunissent sous la responsabilité d’un professeur-docteur, plusieurs formateurs autour d’une thématique particulière et de projets spécifiques.

Les unités de recherche sont les suivantes :

Didactique des sciences et éducation au développement durable : Dr. Francine Pellaud
Inégalités sociales, diversité et institutions scolaires : Dr. Alexandre Duchêne
Philosophie pour enfants et adolescents : Dr. Samuel Heinzen 
Transfer Lehrerbildung – Praxis : Dr. Aloïs Niggli
Evaluation des apprentissages, des enseignements et des institutions : Dr. Pierre-François Coen
Intériorisation des médiations : Dr. Alexandre Buysse